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故选D。
2．C
A、根据II-3和II -4不患病，III-4既患甲病又患乙病可知，甲病和乙病均为隐性遗传病，又因II -4不含乙病的致病基因，所以乙病为伴X染色体隐性遗传病，再根据“等位基因B/b、E/e 独立遗传”可知，甲病为常染色体隐性遗传病，即等位基因B/b位于常染色体上，等位基因E/e位于X染色体上，A正确；
B、Ⅲ-1和Ⅲ-2是同卵双胞胎，两者的遗传物质是相同的，表型存在细微差异，可能与环境有关，B正确；
C、等位基因E/e位于X染色体上，III -4的e基因来自II-3，但II -3的e基因应来自I -1，因为I -2不患乙病，不含e基因，C错误；
D、结合上述BC分析可知，II -3和II -4的基因型分别为BbXEXe、BbXEY，他们再生育一个既患甲病又患乙病男孩bbXeY的概率为1/4 ×1/4=1/16，D正确。
故选C。

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